การตั้งอุณหภูมิ Thermostat สำหรับห้อง AHU มักจะทำได้ยาก หรือ บางครั้งก็ไม่ตรงกับค่าที่ต้องการ เมื่อเทียบกับ room temperature ที่ต้องการ รวมทั้งตำแหน่ง อาจจะในลักษณะ Dead Spot ทำให้ Thermostat ไม่สามารถ sense ได้อย่างถูกต้อง อาจจะเป็นเหตุให้อุณหภูมิของ Leaving Air ไม่คงที่
ควรกำหนดให้ Thermostat อยู่ในตำแหน่งหน้า Cooling Coil หรือ Air Filter และต้องอยู่ในตำแหน่งที่รับ Return Air ได้โดยสะดวก ซึ่งจะทำให้ง่ายต่อการ Set ค่าที่ถูกต้องได้ เพราะอุณหภูมิของลมที่กลับมาเข้าเครื่องที่หน้า Cooling Coil หรือ Air Filter นั้น จะเป็นค่าเฉลี่ยของ Room Temperature
ไม่ควรติดตั้ง Thermostat สำหรับห้อง AHU. ไว้หลัง Cooling Coil ซึ่งจะเป็นอุณหภูมิของลมเย็น ที่ออกมาจากเครื่อง ทำให้ค่าที่อ่านได้ ไม่ใช่ค่าของ อุณหภูมิห้อง ซึ่งเป็นอุณหภูมิที่นำมาใช้ในการออกแบบและเลือกขนาดเครื่อง